SEARCH
技術服務021-34781616

熱門搜索關鍵詞:轉錄組基因組甲基化酵母文庫蛋白芯片

021-34781616

當前位置:首頁 » 甲基化研究 » 全基因組甲基化測序(WGBS) » 全基因組甲基化測序(WGBS)
全基因組甲基化測序 (WGBS)
WGBS(Whole-genome bisulfite sequencing)被視為甲基化測序的“金標準”。其原理是用 Bisulfite 處理,將基因組中未發生甲基化的 C 堿基轉換成 U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的 C 堿基區分開來,再結合高通量測序技術,與參考序列比對,即可判斷 CpG/CHG/CHH 位點是否發生甲基化,特別適用于繪制單堿基分辨率的全基因組 DNA 甲基化圖譜。
歐易特色
可靠的建庫質量
多年文庫技術積淀,具有豐富的樣品處理經驗和建庫經驗
完善的質控過程
可以提供整套質控分析,確保數據準確性
豐富的基礎分析內容
從各個層面綜合解析 WGBS 數據
更個性化的生物信息分析服務
成熟的生物信息分析團隊,熟悉各種分析算法和軟件;
與客戶充分互動,提供更多個性化分析思路和分析方案
可讀性強的數據報告
提供多方面的數據及圖形內容,同時撰寫詳細的軟件使用手冊,幫助客戶更好地自行進行數據查看
推薦測序模式
●  Hiseq X Ten,PE150    ●  30 X 基因組大小
案例展示
案例一  利用全基因組甲基化測序繪制腫瘤微環境表觀遺傳特征譜
研究背景
實體瘤的發生與發展過程涉及腫瘤上皮細胞與其微環境之間的動態互作。目前,大部分關于腫瘤的表觀基因組研究集中于上皮腫瘤細胞中。而有關維持腫瘤表型的腫瘤微環境的分子特征研究較少。腫瘤相關成纖維細胞(CAF)是腫瘤微環境組成的一類主要細胞。CAF 可以促進前列腺癌細胞的遷移和增殖。有關 CAF 的表觀基因組特征譜尚不清楚。
研究內容
文章利用 WGBS 技術,對腫瘤相關成纖維細胞 CAF 和非惡性前列腺成纖維細胞 NPF 進行甲基化檢測,篩選兩者間的差異甲基化區域 DMR,并進行 DMR 注釋。結果顯示 CAF 中的 DMR 富集發生于基因調控區域,通過與 RNAseq 的聯合分析證明這些 DMR 會對基因的轉錄產生調控作用。另外 CAF 中 DMR 基因注釋結果顯示,DMR 富集到與腫瘤相關的信號通路。CAF 中篩選到的這些 DMR 可用于進行前列腺癌的診斷。

wgbs

wgbs2

研究結果
1. 對 4 例前列腺癌組織分離獲得的 CAF、4 例癌旁組織分離獲得非惡性前列腺成纖維細胞 NPF,分別進行全基因組甲基化測序 (WGBS),平均每個樣品測序深度 > 7x。結果顯示 NPF 和 CAF 具有較為相似的甲基化譜。
2. NPF 和 CAF 對比顯示,兩組間存在 7534 個 DMR(差異甲基化區域),其中 CAF 具有更多的低甲基化區域(5038 個)。
3. 統計發現,CAF 中鑒別到的 DMR 富集于基因的調控區域,主要特征包括:大部分位于 CpG 島區域之外;低甲基化 DMR 更多的位于啟動子區域并且更靠近轉錄起始位點(TSS);DMR 富集于增強子區域。
4. 對 DMR 進行基因注釋,30% 的 DMR 富集到與腫瘤相關的信號通路。
5. 為了進一步研究調控區域 DMR 的作用,利用 RNAseq 進行了基因表達水平的檢測,結果顯示 445 個 MDR 與 220 個 DEG(差異表達基因)顯著相關,其中與 162 個上調表達 DEG 相關的是低甲基化 DMR。并且這一相關性可以通過 BSP 和 RT-PCR 獲得驗證。
6. 對比前列腺癌上皮細胞和 TCGA 數據庫中的前列腺癌組織中的甲基化數據,其中 50 個高甲基化 DMR 和 15 個低甲基化 DMR 可以視為腫瘤特異性 DMR,可用于進行前列腺癌的診斷(AUC > 0.8)。
參考文獻
Pidsley R, Lawrence MG, Zotenko E, et al. Enduring epigenetic landmarks define the cancer microvironment. Genome Res 2018; 28(5): 625-638. (IF: 10.101)
常見問題
1.為什么 WGBS 所得的 raw data 產量和 Q30 比例較全基因組重測序的低?
因為在 WGBS 建庫過程中,非甲基化的 C 會轉化為 U(測序過程中呈現為 T),因此 WGBS 文庫處于堿基不平衡的狀態(read1 中 C 含量極低、read2 中 G 含量極低)。而 Illumina 測序儀在 cluster 定位過程中會過濾較高比例的 cluster,使得 raw data 產量降低;另外由于 GC 含量較低,測序過程中質量值也較容易下降。
2. 哪些因素會影響結果?
樣品 DNA 質量、Bisulfite 處理過程、測序深度、測序質量等都會影響到最終的結果。
3.怎樣保證 Bisulfite 對 DNA 處理的完全性?
目前我們建立了標準實驗流程,確保 Bisulfite 對 DNA 的處理達到生物信息分析要求。我們的標準實驗流程是在以標準品DNA 和 H19 等基因位點的多個質量控制步驟下進行嚴格控制的。


歐易生物

技術熱線:021-34781616 咨詢熱線:4006-4008-26

上海市閔行區新駿環路138號5幢3層
[email protected]
歐易生物
歐易生物微信公眾號
滬ICP備-050455 網站地圖  Copyright ? 2016 上海歐易生物醫學科技有限公司 保留所有權利      
ticaiapp 剑网3做哪个赚钱 怎么赚钱到微信红包里 超市卖酱油醋需要赚钱吗 单机捕鱼机 福建麻将的规则 魔域新区杀9星赚钱办法 鼓励别人努力赚钱的搞笑图片 阅读赚钱支持提现的 章鱼彩票安卓 免费玩北京麻将 美乐香辣酱赚钱么 喵喵商城怎么玩赚钱 腾讯捕鱼来了贴吧 快手点红心主播赚钱吗 b级车如何赚钱 都昌做牙齿的都赚钱了