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ceRNA分析項目
ceRNA(competing endogenous RNA,競爭性內源RNA)能與其它RNA轉錄本競爭相同的microRNA,從而實現相互間的交流與調節,包括蛋白編碼基因、假基因和長鏈非編碼RNA。
ceRNA假說是基于近期一系列關于RNA轉錄本之間相互對話的研究而提出的。microRNA是長短約22nt的短鏈RNA,能夠通過抑制目的基因的翻譯或降解目的基因,從而反向調節目的基因的表達。ceRNA假說認為ceRNA通過與mRNA競爭相同的microRNA反應元件(MREs)從而調節轉錄本的表達。不管是否編碼蛋白,對于RNA轉錄本來說,彼此都能競爭與microRNA的結合,互相調節,從而構成龐大的ceRNA網絡(ceRNETs)。
用途
利用miRNA芯片數據,lncRNA/circRNA芯片數據,結合miRNA靶基因預測軟件
尋找mRNA與lncRNA共同靶向的miRNA,構建ceRNA網絡
前置分析條件
需要提供miRNA表達數據,lncRNA/circRNA表達數據,mRNA表達數據
需要提供對應的miRNA,lncRNA/circRNA, mRNA的序列
樣本量不能少于6個
分析結果
·  miRNA_target
·  Correlation;
·  miRNA_target –filtered
·  ceRNA_score
·  ceRNA_score-filtered
·  ceRNA_network
Demo示例

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Demo結果解讀
圖中展示了mRNA與lncRNA共同調控的miRNA,其中紅色點對應mRNA,
綠色點對應lncRNA,藍色點對應miRNA,點的大小表示與周邊聯系的多少
案例展示
案例一  鑒別肺結核中circRNA的表達特征及構建ceRNA調控網絡
研究背景
肺結核(PTB)是由結核桿菌引起的慢性疾病,對人類健康構成嚴重威脅。circRNA被認為在許多疾病的發病機理和發展過程中具有潛在的調控作用,然而,PTB中circRNA的表達模式和調控機理仍有待于研究。
研究內容與結果
蘇州大學生物與基礎醫學學院老師采集3例肺結核患者和3個正常人的全血樣品進行全轉錄組測序,篩選發現170個circRNA的表達量發生了顯著性變化。作者闡明了肺結核中circRNA的表達特征,GO和KEGG功能分析發現,一些免疫通路如MAPK信號傳導通路、癌癥中的內吞作用通路出現富集。構建了肺結核中circRNA的ceRNA調控網絡。

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                技術路線                                                              ceRNA調控網絡

參考文獻

Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget.2017, 8(69):113571-113582. (IF: 5.168)



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