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LC-MSMS和非標記定量
液相色譜(LC)根據不同蛋白(肽段)在流動相和固定相之間分配系數的差異而進行分離,液相色譜特別是多維液相色譜(MDLC)與串聯質譜聯用技術(LC-MSMS)是蛋白組分離分析的重要工具之一。該技術可以實現對復雜蛋白樣品的分離鑒定,在此基礎上,通過質譜信號強度可以實現對肽段和蛋白定量,快速找到不同樣品間的蛋白表達差異,即非標記定量蛋白組分析。
A.LC-MSMS混合蛋白鑒定及靶向蛋白組分析
分辨能力高、數據豐富
適用于復雜蛋白樣品的分離鑒定分析,
一次可以獲得幾十、幾百甚至幾千個蛋白的信息
應用范圍廣
通過與特異類型蛋白富集及解析技術相結合,
可以很好地實現靶向蛋白組學以及翻譯后修飾蛋白組學分析
案例展示
運用LC-MS/MS技術對H7N9核蛋白互作的宿主細胞蛋白組進行分析,
基于組學金豆(OmicsBean)系統進行互作蛋白生物信息學分析與病毒侵染復制分子模型構建1
參考文獻
Sun N. et al., Proteomics analysis of cellular proteins Co-IP with nucleoprotein of influenza A virus (H7N9). 2015, Int. J. Mol. Sci.  
B非標記(Label-free)-SWATH定量蛋白質組
不需要昂貴的標記
直接根據色譜及質譜的峰面積進行蛋白定量,不需要同位素標記,實驗耗費低。
樣品不受限制,無標記偏差
與標記技術相比,非標記技術對于樣品數量無限制,
彌補了標記定量技術在對多個樣本進行定量和定性方面的缺陷
以及對于某些不易標記的蛋白/肽段檢測效果不好的缺陷
實驗要求高
對LC-MSMS的穩定性和重復性要求較高,需要有足夠的技術重復以確證結果,
但該技術目前主要基于一維LC-MSMS,分離能力有限,
一般適用于細胞器、胞外分泌液及微生物等復雜程度較低的樣品
案例二  小立碗蘚進行原生質體處理的葉綠體蛋白組響應
實驗材料
小立碗蘚原絲體和原生質體的葉綠體樣品
研究結論
發現219個與原生質體處理相關的差異表達蛋白。
葉綠素Ⅱ的生物合成以及相關葉綠體外膜蛋白處理后表達下調。
活性氧(ROS)清除相關的功能得到增強。

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參考文獻
Igor F. et al., The physcomitrella patens chloroplast proteome changes in response to protoplastation.2016, Front Plant Sci.



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