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特異位點甲基化檢測
A.焦磷酸測序
磷酸測序可在一次檢測中快速定量一個或多個甲基化位點,是較為理想的驗證方法,
該技術在表觀遺傳學研究中逐漸成為數據分析的金標準。
于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺,應用焦磷酸測序(Pyrosequencing)技術,
不僅能解決常規焦磷酸測序法在非CpG位點胞嘧啶轉化為胸腺嘧啶時影響到引物的結合的問題,
也進一步提高了結果的準確性;同時,給予的結果除了能準確定性檢測到位點變化情況之外,還能準確地計算頻率變化。
焦磷酸測序技術優勢
先進的算法設計可優化實驗條件,內嵌式的質控保證數據的準確可靠
全程的軟件控制減少人為因素的影響
靈敏度高,可測到鄰近CpG區域的單個甲基化水平
周期短、通量高,1h內可同時平行分析96個樣本,一次運行可實現多個續CpG位點定量分析
對于樣品要求低,適用于新鮮、冷凍和FFPE樣本
對于檢測位點要求低,可檢測未知序列信息,覆蓋到人類基因組的所有CpG位點
除常規的檢測位點變化情況外,還可準確計算頻率變化
焦磷酸測序服務內容
對客戶提供樣本進行DNA抽提,并利用NanoDrop進行樣本質檢
根據不同的實驗目的,確定合適的檢測方法,完成相應的實驗
提供包括實驗操作流程、原始數據、分析數據在內的詳細實驗報告
1
焦磷酸測序結果展示
2
B.Sequenom檢測

通過高通量甲基化檢測手段篩選到目標位點后,需要對目標位點進行驗證,

可采用特異位點甲基化檢測技術,比較常見和有效的除了焦磷酸測序之外,還有Sequenom檢測。

C.特異位點甲基化檢測技術比較

表格

常見問題

1. 如何判斷選擇哪種技術檢測特異性位點的甲基化情況?
選擇哪種技術是和實驗本身直接相關的,目標序列的長度、檢測達到的精度、樣本的數目等都是選擇技術前需要考慮的問題。
2. 想用焦磷酸測序來檢測甲基化,但目標序列有幾百bp,怎么辦?
如果是想檢測目標序列中的所有CpG位點的甲基化水平,可以將目標序列拆分成幾個反應進行;如果著重關注某幾個目標位點,可以只針對目標位點周圍設計引物檢測,沒有必要對整段序列進行測序

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