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調控網絡分析
基于各種調控關系(miRNA-mRNA,miRNA-GO,miRNA-KEGG,mRNA-GO,mRNA-KEGG, lncRNA-mRNA, TF-mRNA, STRING PPI Network等)構建對應調控網絡圖,挖掘網絡中的調控關系,獲取核心因子。
用途
展示各種調控關系網絡,挖掘核心調控分子
1.STRING調控網絡
Demo 示例

1

Demo 結果解讀
上圖展示了基于STRING數據庫的關系對重新繪圖的結果,其中紅色表示上調,綠色表示下調,點的大小表示與周邊的聯系多少,實線表示有實驗證據支持這兩個基因之間存在調控關系,虛線表示無實驗證據支持,線條的粗細表示作用關系的強弱,關系越強,線條越粗。
2.lncRNA_mRNA_TF調控網絡
Demo 示例

2

Demo 結果解讀
上圖展示了基于lncRNA 轉錄因子分析的數據繪圖的結果,其中紅色為lncRNA,藍色為轉錄因子,綠色為mRNA,點的大小表達與周邊聯系的多少。
3.Pathway Network調控網絡

3

Demo 結果解讀
上圖展示了基于KEGG數據庫的pathway關系對網絡圖,其中每個節點代表一個pathway,點的大小代表與周邊聯系的多少。
案例展示
案例一  三陰性乳腺癌中TRA2A通過調控可變剪切促進紫杉醇耐藥性和腫瘤發展
研究背景
目前仍缺乏治療三陰性乳腺癌(TNBC)的有效手段,其中,紫杉醇耐藥是治療主要的障礙之一。已證實選擇性剪接的失調可能會導致腫瘤發展和化療耐藥。人類選擇性剪接調控基因TRA2有兩個旁系同源基因分別負責編碼TRA2A和TRA2B,已有研究證明TRA2B與癌細胞存活和治療敏感性有關,但TRA2A在腫瘤發展中發揮的功能尚不清楚。
研究內容與結果
歐易生物攜手天津醫科大學,對過表達TRA2A的細胞株和正常細胞株進行表達譜芯片篩選,發現抗性細胞株中TRA2A特異性高表達。分析結果中得到TRA2A調控的可變剪接基因有CALU、RSRC2和PALM。最終研究表明三陰性乳腺癌中TRA2A可以增強癌細胞的增殖、遷移和侵襲能力。此外,驗證TRA2A可以通過調控與癌相關的可變剪接基因RSRC2來增強乳腺癌細胞對紫杉醇的抗性的功能。

4

技術路線

5

A)TRA2A影響的可變剪切示例;B) TRA2A影響的可變剪切事件以及
C)正負調控百分比的統計分析;D) TRA2A影響靶基因的GO富集分析;
E,F)富集條目中的基因的PPI結果;G)靶基因中與癌癥相關基因的GO富集分析;H,I) TRA2A過表達定量結果分析

參考文獻
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther.2017,16(7):1377-1388. (IF: 5.579)


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